في عام 2012، انضم د. محمد إلى هيئة التدريس في جامعة عين شمس – قسم تركيبات الأسنان، ثم أكمل دورة مكثفة مع د. كريستيان كوتشمان واحد من رواد مجال طب الأسنان الرقمي، وذلك لحرصه الدائم على استخدام أحدث التقنيات مع المرضى لتقديم خدمات علاجية بأعلى مستويات الجودة.

في 2015 أكمل د. محمد سامي زكي درجة الماجستير، وفي 2017 ساهم بشكل أساسي في تأسيس مركز طب الأسنان الرقمي في جامعة عين شمس. نتيجة لتفانيه الدائم وتميزه في مجاله تم اعتماده كزميل في الجمعية الألمانية لزراعة الأسنان في عام 2018.

في عام 2020 حصل د. محمد على درجة الدكتوراه ليكمل دراسته الأكاديمية. وواصل اهتمامه بطب الأسنان التجميلي والبحث عن أحدث التقنيات المستخدمة في هذا المجال، ما جعله من رواد هذا التخصص.